Excelsiorem, lodí kapitána Sulu, otřese energetická vlna. Vybuchl Praxis, měsíc klingonského centrálního světa.
O několik měsíců později, na zasedání velitelského štábu Hvězdné flotily, informuje Spock, že uzavření mírové smlouvy s Klingonskou říší je připraveno. Je to vývoj, který zaskočil mnohé, nejvíce asi kapitána Kirka. Enterprise, jejíž posádku doplnila poručík Valeris, Vulkanka a Spockova chráněnka, je pověřena doprovodit loď kancléře Gorkona prostorem Federace na Zemi, kde má být smlouva podepsána.

Po setkání s klingonskou lodí Kirk uspořádá slavnostní večeři pro kancléře, jeho doprovod a svůj důstojnický štáb. Při večeři vyplavou na povrch obrovské rozdíly mezi oběma kulturami. Těsně po večeři se Klingoni stanou cílem nevysvětlitelné střelby: Enterprise nestřílela, žádná jiná loď poblíž není, ale záznamy Enterprise ukazují, že vystřelila dvě torpéda. Spock, Scotty a ostatní se pokoušejí zjistit, co se vlastně stalo, a Kirk a dr. McCoy se transportují na klingonskou loď, aby pomohli. Dozvídají se, že poté, co na lodi selhala umělá gravitace, se na ni transportovali dva důstojníci Federace v magnetických botách a zavraždili kancléře Gorkona. McCoy se snaží zachránit mu život, ale kancléř za chvíli umírá. Generál Chang vzápětí Kirka i McCoye zatýká pro vraždu. Prezident Rady Federace se přes naléhavé rady velitelského štábu Flotily i romulanského vyslance na Zemi rozhoduje, že kvůli budoucím mírovým vztahům s Klingonskou říší dovolí, aby byli souzeni na Qo‘noSu.

Za použití nahrávky vlastních Kirkových slov, svědčících o tom, jak Klingony nenávidí, jsou oba odsouzeni do dilithiových dolů na trestaneckém asteroidu Rura Penthe, kam jsou také ihned převezeni. Po příchodu do dolů je osloví krásná Chameloidka Martia a brzy jim nabídne, že jim pomůže uprchnout, pokud mají možnost transportu, až se dostanou zpod ochranného štítu, a pokud ji vezmou s sebou.

Enterprise se po rozsudku okamžitě vydává k Rura Penthe. Zároveň probíhá horečné pátrání. Fyzická inventura torpéd ukazuje, že Enterprise nestřílela, že počítačové záznamy jsou zfalšované. A v okamžiku, kdy jsou nalezeny skafandry a magnetické boty, jsou atentátníci nalezeni zavražděni. Spock tuší spiknutí velkého rozsahu, které je přítomno i na Enterprise.

Kirk, McCoy a Martia prošli zamrzlou plání na Rura Penthe mimo štít a čekají na transport. Kirk už nějakou chvíli tušil od Martii zradu, proto se pokouší získat od ní informace, kdo je za všemi zlověstnými událostmi. Najednou je obklopí klingonská stráž, která je hodlá zastřelit na útěku. Než však k tomu dojde a než se Kirk stihne dozvědět, kdo jejich zabití poručil, jsou on i McCoy přeneseni na Enterprise, jež je objevila díky iridiové známce, kterou Spock připevnil Kirkovi na rameno před jeho transportem na klingonskou loď.

Uvažování Kirka a Spocka se ubírá jedním směrem, a tak společně připraví past na toho, kdo na Enterprise získal nahrávku Kirkova soukromého deníku a poskytl ji generálu Changovi, kdo zfalšoval data v počítači a zabil oba atentátníky. Do pasti se chytla Valeris. Odmítá cokoliv o spiknutí prozradit a obhajuje se, že ona a celé spiknutí Federaci brání, zrádci že jsou ti, kdo chtějí uzavřít mírovou smlouvu. Aby se o spiknutí dozvěděli více, přinutí Spock Valeris ke splynutí mysli a získá jména spiklenců. Místo, kde má být smlouva podepsána, však Valeris nezná. Kirk se proto obrací na svého přítele kapitána Sulu, který mu dodá přesné údaje a slíbí, že ke Khitomeru také vyrazí.

Cestou na Enterprise zaútočí zamaskovaná klingonská loď vybavená prototypem maskovacího zařízení umožňujícího střílet. Na její palubě je generál Chang, jeden ze spiklenců. Za pomoci Excelsioru ji Enterprise zničí a ke Kithomeru se dostane včas, aby Kirk a ostatní členové posádky mohli zachránit život Prezidenta Federace a odhalit spiklence z řad důstojníků Hvězdné flotily.

Byla to poslední mise Enterprise-A a její legendární posádky.