V roce 2268 se měla tato loď setkat s USS Enterprise k převzetí vakcín pro planetu Theta VII. USS Enterprise se ale nemohla s USS Yorktown setkat do doby, než se vypořádala s bytostí z planety Tycho IV.

Před svou přestavbou, v roce 2286 byla tato loď umístěna poblíž hranic systému Sol. V té době se k Zemi blížila neznámá sonda, která pátrala po vyhynulých velrybách. USS Yorktown byla touto sondou ochromena podobně, jako mnoho dalších lodí.

Ve svém hlášení Flotile Randolph uvedl, že loď přišla o veškerou vnitřní energii a hlavní inženýr se snažil čerpat energii ze Slunce, aby udržel posádku naživu. Dalším opatřením pro snížení potřeby energie bylo podání silných sedativ většině posádky lodi.