V roce 2267 byla tato loď na opravách v sekci 18 u Hvězdné základny 11 zrovna v době, kdy k Základně přilétala i USS Enterprise s poškozeními, která utrpěla v iontové bouři. Komodor Stone, velitel Základny 11 povolil, aby byla USS Enterprise opravena přednostně.

USS Intrepid pracovala na úkolu vyšetřit ztrátu kontaktu se systémem Gamma 7A v sektoru 39J. Při průzkumu narazila loď na podivnou temnou zónu, která obklopovala vesmírného tvora, podobného velké amébě a v této oblasti byla loď zničena a celá posádka, zcela složená z Vulkánů, během tohoto incidentu zahynula. Smrt 400 Vulkánců telepaticky zaznamenal dokonce i komandér Spock z USS Enterprise, která byla na cestě tamtéž, aby vyšetřila ztrátu spojení s lodí.