V roce 2374 byla tato loď součástí flotily, která se účastnila operace na převzetí stanice Deep Space 9 z rukou Dominionu zpět do federálních rukou. Před samotnou bitvou hlásila loď problémy se stabilizací navigačních trysek na pravé gondole, čímž se stala 11. lodí, jež odpadla z federální flotily 600 lodí, čelících 1254 lodím Dominionu a Cardassianů. USS Cortéz následně ohlásila, že flotila Cardassianů a Dominionu ukončila boje a stáhla se do prostoru Cardassie.

Krátce po převzetí stanice byla USS Cortéz na hlídkové misi u hranic s Cardaasijskou uníí. Při této misi padla za oběť pravděpodobně letce jem'hadarských lodí. USS Defiant prohledával oblast 6 hodin, ale všech 400 členů posádky zřejmě při útoku zahynulo, včetně kapitána, jež byl dobrým přítelem kapitána Siska. Ben Sisko totiž kapitána Swofforda seznámil s jeho budoucí ženou a po jeho smrti se rozhodoval, zda setrvat na místě velitele DS9.