V roce 2293 byla tato loď na průzkumné misi v hlubokém vesmíru blízko klingonských hranic. V té době byli kapitán Kirk a doktor McCoy zatčeni Klingony za vraždu kancléře Gorkona, který vyjednával o míru s Federací. USS Challenger byla jednou z lodí, která se měla účastnit operace, jež měla tyto dva důstojníky zachránit z klingonského vězení. Operaci však nakonec zamítl prezident Federace, aby neohrozil dobře se rozvíjející vztahy mezi oběma mocnostmi.