Rok po svojom zaradení do služby sa Enterprise-E zúčastňuje bitky o sektor 001, ktorý je napadnutý borgskou loďou. Napriek tomu, že je borgská loď Picardovou zásluhou zničená, darí sa Borgom ešte pred jej deštrukciou vypustiť druhú, menšiu loď. Tá má za úlohu cestovať späť časom do roku 2063, asimilovať ľudstvo v minulosti a najmä zabrániť prvému kontaktu medzi ľuďmi a Vulkáncami.

Enterprise-E je nútená Borgov do 21. storočia nasledovať a napraviť všetky škody, ktoré napáchali. To zahrňuje predovšetkým pomoc Zeframovi Cochranovi pri príprave a štarte Phoenixu, prvej lode s warp pohonom. Po úspešnom prvom lete Phoenixa a eliminovaní Borgov i borgskej kráľovnej dochádza k obnoveniu pôvodnej časovej línie.