V budoucnosti, koncem 24. století, po nám známých událostech Star Treku, se ambasadoru Spockovi nepodaří zabránit strašné katastrofě, která postihne Romulus. Romulan Nero, jeden z mála přeživších, se se svou lodí dostává do minulosti a zasvětí svůj život pomstě. Spock jej do minulosti následuje…

Právě okamžik, v němž se federační loď USS Kelvin střetne s Neronem, si vybírá James Tiberius Kirk ke svému příchodu na svět.

Na Vulkanu zatím malý Spock bojuje se svým smíšeným původem. Je skvělým studentem, kterému je po ukončení studia nabídnuto místo na Vulkanské vědecké akademii, Spock ale tuto nespornou poctu odmítá a odchází na Zemi, aby se přihlásil do Hvězdné flotily Federace. Posléze se stává komandérem a slouží na USS Enterprise kapitána Pikea.

Mladý Kirk, nedisciplinovaný, nezvladatelný a s nekonvenčním myšlením, který neví, co si počít se svým životem, dá na radu kapitána Pikea, který znal jeho otce, a rovněž se stává kadetem Flotily. Jeho studium rozhodně neprobíhá hladce a brzy se střetne s komandérem Spockem. Oba mladí muži se v té době srdečně nesnášejí (i když Spock by to přirozeně popřel jako nepřijatelnou emoci).

Do osudů kadetů Kirka, Uhury, Sulua a Chekova, komandéra Spocka, čerstvě rozvedeného doktora McCoye, kapitána Pikea a dalších zasáhne opět Nero. Po další katastrofě, kterou Nero zavinil, a dramatické snaze zastavit ho, se Jim Kirk setká se starým ambasadorem Spockem z budoucnosti, který všem značně pomůže. Federace je zachráněna, Jim Kirk je povýšen na kapitána a Kirk a Spock se stávají přáteli na celý život.