V roce 2364 přiletěla USS Thomas Paine, jíž velel bolianská kapitán Rixx k planetě Dytallix B, kde se setkala s loděmi USS Horatio, USS Enterprise-D a USS Renegade, jejichž kapitáni se sešli na povrchu planety, aby prodiskutovali podivné rozkazy, které v poslední době vydalo Velitelství Flotily. Kapitán Keel z USS Horatio si myslel, že se někdo snaží infiltrovat Flotilu, což se nakonec potvrdilo.

V roce 2367 byla loď podle situačního displeje, viděného na USS Enterprise-D na diplomatické misi na planetě Epsilon Ashanti III.

Na počátku roku 2368 byla USS Thomas Paine přidělena k blokační flotile kapitána Picarda, který s její pomocí úspěšně bránil romulanským lodím, aby zásobovaly klingonskou rodinu Durasovu v době, kdy v Říši probíhala občanská válka.

V roce 2369 byla loď na diplomatické misi na planetě Alderaan. Tato skutečnost byla uvedena na jednom z monitorů na USS Enterprise-D.