Nejznámější loď své třídy, která se hned na své první misi ztratila v Delta kvadrantu a Flotila o ní dlouho neměla žádné zprávy.

USS Voyager byla konstruována v docích Utopia Planitia na Marsu a vypuštěna ze stanice McKinley na orbitě Země hvězdného data 48038.5, roku 2371. Loď byla prvním federálním plavidlem, vybaveným novým typem warp jádra, typem 9. Loď byla také vybavena systémem pohotovostního zdravotnického hologramu, který měl v případech nouze na krátkou dobu zastoupit živého doktora. Další zvláštností lodi bylo použití bioneurální technologie na místo do té doby používané technologie isolineární.

Krátce po svém vypuštění byla loď přesunuta ke stanici Deep Space 9. Její první mise mělo být pátraní po Makistické lodi Val Jean, která se ztratila v oblasti poblíž planety Bajor zvané Badlands, když unikala cardassianům. Na palubě této lodi byl bezpečnostní důstojník lodi, poručík Tuvok a velel jí bývalý komandér Flotily, Chakotay.

Kapitán Janewayová si vyžádala za pilota pro tuto misi bývalého poručíka Flotily a syna vlivného admirála Flotily a bývalého kapitána USS Al Batani, kde Janewayová sloužila, Owena Parise, Tomase, který byl v té době umístěn v trestanecké kolonii na Novém Zélandu. Paris byl totiž jedním z nejlepších pilotů. Prvním důstojníkem na lodi byl jmenován nadporučík Cavit a hlavním komunikačním důstojníkem byl jmenován čerstvý absolvent Akademii, praporčík Harry Kim. Hlavním pilotem na lodi byla i přes schopnosti Toma Parise Betazoidka, poručík Stadi.

Krátce po příletu do Badlands byla objevena stopa po lodi Makistů, ale než mohla být lokalizována, proskenoval USS Voyager neznámý tetrionový paprsek a masivní vlna energie loď následně pohltila. Při tom zahynula velká část posádky, včetně nadporučíka Cavita, poručíka Stadi, hlavního inženýra a téměř všeho lékařského personálu. Praporčík Kim následně zjistil, že loď byla přenesena neznámou silou do kvadrantu Delta, 70.000 světelných let od Alfa kvadrantu.

Posádka byla ihned poté přenesena na stanici, která byla nedaleko lodi, a na níž byla i posádka makistické lodi. Entita, zvaná Ochránce, která stanici obývala, podrobila obě posádky výzkumu genetické vhodnosti, protože umírala a potřebovala nástupce, který by přebral úkol starat se o Ocampy, malý humanoidní národ. Potom byly posádky obou lodí přeneseny zpátky na své lodě s výjimkou Harry Kima z USS Voyager a B’Elanny Torresové z makistické lodi.

Posádky se v úkolu nalézt své lidi spojily a za pomoci domorodce z této části vesmíru, Talaxiána Neelixe, se dostali až na planetu Ocampa, kde na povrchu sídlila sekta místního druhu Kazonů. Neelix chtěl jenom využít zbraní USS Voyageru a zachránit svou lásku, Ocampu Kes, což se mu povedlo. S její pomocí se výsadek dostal do města Ocampů, ukrytého pod povrchem planety a své lidi zachránil.

V té době už ale Ochránce umíral a rozhodl se přerušit spojení mezi stanicí, na níž žil a podpovrchovým městem. To zaujalo pozornost Kazonů, kteří by se rádi dostali k vodě pod zemí za pomoci cizí technologie. I když poručík Tuvok přišel na způsob, jak dostat loď do Alfa kvadrantu, rozhodla se kapitán komplex stanice zničit, aby zachránila Ocampy. Tím proti sobě popudila Kazony, kteří v boji zničili makistickou loď. Posádka lodi byla transportována na palubu USS Voyageru a nucena začít spolupracovat s posádkou Hvězdné flotily na cestě domů skrz Delta kvadrant.

Po smrti valné části původní posádky, včetně vyšších důstojníků, a po začlenění makistické posádky do posádky Hvězdné flotily, bylo nutné najít nové vyšší důstojníky. Kapitán Janewayová bez větších potíží učinila hlavním pilotem lodi poručíka Parise. Za prvního důstojníka chtěla původně vybrat poručíka Tuvoka, nicméně nakonec se rozhodla pro velitele makistické lodi Chakotaye, který dříve byl členem Hvězdné flotily, pak se ale přidal k Makistům. Chakotayovi udělila zástupnou hodnost komandéra a učinila ho prvním důstojníkem, zčásti také proto, aby krotil příslušníky své bývalé posádky.

Složitější bylo rozhodování se o obsazení pozice hlavního inženýra lodi. Chakotay na tuto funkci doporučoval svého šéfinženýra, polovičního Klingona B'Elannu Torresovou, která studovala na Akademii, ale nikdy ji nedokončila. Kapitán Janewayová tímto jménem ovšem zprvu nijak nadšená nebyla a chtěla dát přednost poručíku Careymu. Nakonec však se jmenování Torresové souhlasila.

Podobný problém byl řešen i s obsazením pozice šéflékaře. Protože na lodi nezbyl žádný živý doktor, hledala posádka nějakou náhradu. Nakonec bylo rozhodnuto, že dočasně v této pozici zůstane pohotovostní zdravotnický hologram. Z dočasného se však nakonec stalo řešení trvalé a posádka Holodoktora začala brát jako běžného člena posádky. Velkou zásluhu na tom měla i Kes, která se stala zdravotní sestrou a velkou obhájkyní jeho práv.

Hvězdného data 48579.4 narazila posádka na červí díru. Ačkoliv vedla do Alfa kvadrantu, byla mikroskopická. Na druhé straně byla zaznamenána loď, ale romulanská. Byla navázána oboustranná komunikace s romulanským vědcem Telekem R’Morem a po pokusech byla zvažována možnost transportu na palubu romulanské vědecké lodi.

R’Mor byl transportován na USS Voyager, ale posádka na jeho loď transportována být nemohla, protože červí díra vedla asi dvacet let do minulosti. R’Mor dostal pouze čipy se vzkazy posádky rodinám, ale vzhledem k tomu, že zemřel ještě před tím, než je mohl odevzdat, Flotila se o osudu USS Voyageru nedozvěděla.

Na palubě USS Voyageru byl hvězdného data 48658.2 odhalen cardassijský špeh, nasazený do makistické buňky velitele Chakotaye. Byla jím Seska, geneticky pozměněna na Bajoranku. Ta také poskytla Kazonům technologii replikátorů, která po nesprávném zapojení do systému jejich lodi zabila téměř celou posádku. Když byla jako špeh odhalena, přešla na stranu Kazonů.

Hvězdného data 48532.4 narazila posádka na další nepřátelskou kultur v Kvadrantu, a sice Vidiiány, kteří díky svému nakažení virem Phage kradli orgány jiným lidem a transplantovali je svým. To se stalo i Neelixovi, kterému byly ukradeny plíce a Doctor je nemohl nahradit v důsledku anatomických zvláštností Talaxianů a nekompatibility ostatních členů posádky. Kapitán Janewayová cizince pronásledovala a ti následně transplantovali jednu plíci od Kes do Neelixova těla, jelikož jejich lékařská technika federální převyšovala o několik řádů.

Koncem roku 2371 zachytily senzory lodi volání SOS. Na jedné planetě bylo po přistání lodi na povrchu objeveno staré pozemské letadlo a v kryogenických komorách byli nalezeni lidé, včetně první pilotky, která se pokusila obletět svět, Amelie Earhartové. Na planetě žili jejich potomci, kteří posádce nabídli, aby zde zůstala. Probuzení lidé ze 20. století zůstali, ale z posádky USS Voyageru nikdo.

Tohoto roku narazila posádka na podivnou bludnou kometu. Při transportu materiálu z ní na palubu se zjevil příslušník Q Kontinua a následně i starý TNG Q. Q2 však požádal o azyl na lodi, a když ho získal, spáchal sebevraždu jedem, který mu poskytl TNG Q. Při té příležitosti se posádka lodi na krátkou chvíli podívala i do Q Kontinua, které však bylo upraveno tak, aby omezené lidské myšlení jeho obraz pochopilo. Navíc byl na krátkou chvíli na loď přenesen komandér Riker z USS Enterprise-D.

Také byl na palubě odhalen špion, který podával zprávy Sesce a Kazonům. Byl jím Michael Jonas, bývalý Makista, který však při svém odhalení byl zabit, když nešťastně spadnul z do šachty warp jádra.

Hvězdného data 49548.7 se loď schovala před Vidiiány do neznámé mlhoviny a při tom došlo k rozdělení veškeré hmoty lodi včetně posádky. Tak byl vytvořen druhý USS Voyager. Při dělení ale nedošlo k rozdělení antihmoty, protože ta je podle teorie nedělitelná a obě lodi tak využívaly jednu zásobu energie. Když pokusy o znovu spojení lodí selhaly, všimli si lodi Vidiiáni a jednu z nich napadli. Ta byla následně zničena autodestrukcí nařízenou kapitánem Janewayovou.

Nicméně koncem tohoto roku byli Vidiiáni nápomocni při záchraně kapitána Janewayové a komandéra Chakotaye z neznámé planety, na níž se nakazili neznámým virem, který byl na povrchu latentní, ale mimo ni propukl v nekontrolovatelnou chorobu.

Koncem roku 2372 Kazoni za pomoci Sesky a údajného dítěte komandéra Chakotaye, přelstili posádku a ukradli loď. Posádka byla vysazena na nehostinné planetě Hanon IV. Za pomoci Doctora, Lona Sudera a poručíka Parise se však loď vrátila posádce a Seska při tom byla zabita.

Hvězdného data 50252.3 začal po dvou letech provozu degenerovat Holodoktor. USS Voyager měl sice diagnostický holoprogram, ten ale doporučil letět na nejbližší základnu Flotily. Posádce tak nezbylo, než doktorovu matrici nahradit matricí diagnostického programu Lewise Zimmermanna, ale i přesto si Doctor některé vzpomínky uchoval.

USS Voyager se také setkala s časovou lodí Federace 29. století Aeon kapitána Braxtona a při tom byla přenesen do roku 1996. Zde musela posádka zastavit Henryho Starlinga, který měl způsobit katastrofu ve 29. století. Při tom Holodoctor získal mobilní holoemitor, čímž dostal možnost pohybovat se nejen po celé lodi, ale také ji opustit. To byl největší krok k tomu, aby se stal právoplatným členem posádky.

Pokud chtěla USS Voyager proletět do Alfa kvadrantu, musela loď překročit území Borgů, které se rozkládalo na mnoha tisících světelných letech. Na pokraj tohoto území se dostala na konci roku 2373.

V té době se také Borgové rozhodli asimilovat Druh 8472, což se pro ně stalo fatální chybou, protože mnohem mocnější druh z jiného vesmíru začal Borgy velmi rychle decimovat.

Kapitán Janewayová uzavřela s Borgy spojenectví, když Holodoctor zjistil, jak Druh 8472 zničit modifikovanými nanosondami. Ke komunikace s posádkou byla přidělena Seven of Nine, alias Annika Hansenová z lodi USS Raven.

Poté, co byl Druh 8472 zahnán do svého vesmíru se ale Borgové rozhodli ukončit spojenectví. S tím však kapitán počítala a Seven byla násilně oddělena od Společenstva a musely jí být odebrány implantáty. Kapitán se rozhodla začlenit ji do posádky lodi. Jejím mentorem, rádcem a ochráncem se následně stal Holodoktor.

Krátce poté však posádku opustila Kes poté, co její spojení s Druhem 8472 způsobilo gradaci jejich sil a pro lidi i loď začala být nebezpečnou. Předtím ale ještě dostala USS Voyager z borgského teritoria, 10.000 světelných let blíže k domovu.

S pomocí nově postavené astrometrické laboratoře a s pomocí cizí senzorické sítě se tohoto roku uskutečnilo první spojení s Alfa kvadrantem, když byl Doctor přenesen na palubu USS Prometheus. Flotila se tak dozvěděla o osudu lodi. Při tom došlo také ke kontaktu s druhem Hirogenů, kočovníků bez domova, kteří lodí jiné druhy jako trofeje.

Zakrátko se hirogenskou trofejí stala i USS Voyager. Posádka byla nucena účinkovat v různých holoscénářích a Hirogeni je lovili. Jejich velitel spatřoval v holotechnice možnost záchrany jeho druhu. Posádka nakonec získala loď zpět a s Hirogeny se podařilo uzavřít mír. Kapitán Janewayová po uzavření příměří dala dokonce Hirogenům plány holotechnologie.

Na počátku tohoto roku došlo k navázání prvního kontaktu s druhem Malonů, kteří vyvážejí svůj odpad na cizí území. USS Voyager v té době prolétala částí vesmíru, kde nebylo vidět žádné hvězdy a Malonové posádce nabídli zkratku červí dírou. Když však kapitán zjistila, co Malonové dělají, rozhodla se červí díru uzavřít, čímž si tento druh znepřátelila.

Když se o pár měsíců později pokusili ukrást sondu s USS Voyageru, uvázlou v atmosféře plynného obra, postavila posádka nový velký raketoplán, tzv. Deltaplán a s jeho pomocí získala sondu zpět.

Hvězdného data 52136.4 došlo k částečnému úspěchu v diplomacii, když bylo uzavřeno příměří s Druhem 8472, ale pouze na úrovni velitele jedné z terrasfér, na nichž si zkoušeli infiltraci Velitelství Flotily. Jak se k tomuto postavil celý druh, není jasné.

Téhož roku si také kapitán Janewayová začala dělat zálusk na transwarpovou cívku Borgů, která by jim umožnila dřívější návrat domů. Po částečných peripetiích s královnou se ji získat podařilo a loď se dostala o 20.000 světelných let daleko, tedy o 15 let blíže k domovu. Potom cívka přestala fungovat.

USS Voyager narazil koncem roku 2375 na další federální loď v Delta kvadrantu, USS Equinox (třída Nova). Posádka ale dělala experimenty s živými tvory, což bylo provinění proti Primární směrnici. Kapitán Janewayová loď pronásledovala. Když ji dohonila, byly ve střetu vážně poškozeny obě lodi. USS Equinox následně pod náporem cizinců, které posádka vraždila, explodoval. Několik členů posádky USS Equinox bylo přemístěno na USS Voyager.

Tohoto roku se podařilo poručíku Reginaldu Barclaymu za pomoci subprostorového komplexu Midas a putujícího pulsaru vytvořit mikroskopickou červí díru a s její pomocí kontaktovat USS Voyager. Od roku 2374 to byl první kontakt s Flotilou, tentokrát ale přímým hlasovým přenosem.

Kapitán Janewayová při tom odeslala do Alfa kvadrantu hlášení výsadků a další informace o poměrech v Delta kvadrantu. Poručík Barclay se na projektu, nazvaném Pathfinder, podílel i v dalších letech a dosáhl v něm mnoha úspěchů, včetně pravidelné komunikace s lodí a následně i obrazové komunikace.

Koncem roku 2376 pomohla kapitán Janewayová borgskému hnutí odporu, tzv, Unimatici Nula. Při tom byl zničen Deltaplán a Janewayová, Tuvok a B’Elanna byli na nějakou dobu asimilováni do Společenstva. Posádce se podařilo Borgy z Unimatice Nula osvobodit počátkem roku 2377, což určitým způsobem Borgy oslabilo. Všichni tři členové posádky se vrátili na palubu a byli deasimilováni Holodoktorem.

Kolem hvězdného data 54058.6 byl postaven nový Deltaplán, se kterým se B’Elanna a Paris účastnili mezihvězdné ralley a při tom požádal Paris B’Elannu o ruku. Ona souhlasila a krátce poté se oba dva vzali.

USS Voyager se vrátila do Alfa kvadrantu hvězdného data 54973.4 v útrobách borgské koule, která opustila transwarp tunel na území Federace a následně explodovala. To vše bylo umožněno admirálem Janewayovou z budoucnosti, která posádce poskytla mnoho technologií budoucnosti, které ona sama pomáhala vyvíjet, včetně technologie výsuvného pancíře, odolného vůči borgským zbraním, nebo transfázových torpéd.

Admirál byla asimilována královnou, aby loď mohla bezpečně proletět borgský transwarp uzlem a tento uzel zničit. Borgové po asimilaci admirála byly velmi oslabeni, protože ta při asimilaci vnesla do Společenstva retrovirus. Centrum Borgů, Unikompex, bylo zničeno, ale Borgové jako druh přežili.

Po návratu byla kapitán Janewayová povýšena na admirála a převelena na Velitelství. Byla to právě ona, která vydala rozkaz a poslala Jean-Luca Picarda na Romulus koncem roku 2378.

Za sedm let, co byla USS Voyager v Delta kvadrantu, posunula posádka znalosti Federace o obrovský kus dopředu, srovnatelně s legendární misí kapitána Kirka ve 23. století. Taktéž v oblasti prvních kontaktů si USS Voyager s USS Enterprise v ničem nezadá. Mezi první kontakty se řadí jak významné druhy Delta kvadrantu, například Kazoni, Maloni, Hirogeni, tak méně významné, jako jsou Sikkariané, Kobalové, Taktakové, Quarrenové, Norcadiané, Brunaliové, Wyzantiové, Mariové, Vothové, Varrové a další.